基于質(zhì)譜技術(shù)的蛋白質(zhì)組學(xué)方法具有的強大蛋白質(zhì)定性、定量和蛋白翻譯后修飾分析能力，其研究模式與方法已成為蛋白質(zhì)層面上研究腫瘤學(xué)研究的主流方案，并已取得了大量的研究成果。

利用差異比較蛋白質(zhì)組學(xué)的方法對不同組別樣品中大量差異表達(dá)蛋白進(jìn)行解析，進(jìn)而從中選取候選蛋白進(jìn)行進(jìn)一步的表達(dá)驗證和功能研究，可為深入闡明相關(guān)蛋白在特定生理或病理過程中的作用提供研究基礎(chǔ)與思路；借助于大量發(fā)掘的蛋白質(zhì)差異表達(dá)數(shù)據(jù)，還可對信號通路的組成進(jìn)行系統(tǒng)地描繪與功能研究； 利用鑒定蛋白質(zhì)組學(xué)對 pull down 或免疫沉淀等方法分離純化的蛋白復(fù)合物進(jìn)行解析，則可為蛋白與蛋白的相互作用、抗原-抗體識別、酶-底物反應(yīng)等研究提供強大的工具。

鑒于其*的技術(shù)優(yōu)勢與研究特點，基于質(zhì)譜技術(shù)的蛋白質(zhì)組學(xué)在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)科研領(lǐng)域必將具有更為廣闊的應(yīng)用前景。